科研是保护区可持续发展的保障与动力，也是为保护区的可持续发展提供科学参考依据的重要保障。

保护区成立以来，先后开展了保护区资源同步调查和候鸟监测记录等科研调查和生物多样性研究，实施的湿地基础设施建设、候鸟栖息地保护工程、水生植物引种栽植工程等使郑州黄河湿地态环境得到了很大的改善，为野生动植物生活、栖息提供了良好的自然条件，留鸟数量明显增多。出版了《走进黄河湿地》、《郑州黄河湿地野生植物图谱》及《郑州黄河湿地的鸟类》。

同时省会科研院校广泛合作，与河南生态林业工程中心合作，进行了黄河湿地生态价值评估、黄河湿地植被演替规律及恢复研究；与黄委会花园口水文站合作开展了黄河水文监测；与河南省野生鸟类观察学会开展了黄河湿地鸟类本底调查、调水调沙对夏候鸟繁殖的影响研究；与郑州师范学院开展了黄河湿地外来物种入侵研究等。并与环保、水产、河务等部门深入开展交流与合作。共发表科技论文20余篇。

经测算，郑州黄河湿地生态系统每年服务价值为32亿元。