2006年3月，郑州市政府批复成立郑州黄河湿地自然保护区管理中心，副处级规格，全供事业单位，编制20人，管理体制自上而下采取管理中心——保护管理站——管理点的三级管理模式。保护区所辖的巩义市、荥阳市、惠济区、金水区、中牟县等5个县（市、区）成立有保护管理站。目前，保护区在编人员44人，其中管理中心23人，管理站21人。

保护区管理中心的职责是：制定实施黄河湿地生态环境和保护规划，观测、观察、研究和救护湿地保护区内野生动植物，湿地保护区内有益的或有重要经济、科学研究价值的野生动植物资源的保护管理，野生动物疫源疫病监测防控等。可简单概括为：保护、管理、科研、监测和黄河湿地公园建设监管等五个方面。与此同时，郑州黄河湿地自然保护区管理中心还承担着郑州市野生动植物保护管理站和国家级疫源疫病监测防控站职能。

根据职责，管理中心内设办公室、保护管理科、宣传教育科、疫源疫病监测防控科：

①办公室：协调管理中心党群、政务工作；负责文秘、机要、档案、人事管理方面工作；负责综合治理、安全生产等方面工作；负责接待联络、后勤服务保障工作；负责财务、项目资金管理使用、国有资产管理及统计报表工作；完成上级主管部门及管理中心领导交办的其他工作。0371-86017601

②宣传教育科：负责对外宣传有关湿地保护区法律、法规、规章及各项方针、政策；负责管理中心思想政治、法制的培训教育工作；负责管理中心人员业务学习、培训工作；负责对外宣传工作，联系新闻媒体；管理维护中心网站；完成上级主管部门及管理中心领导交办的其他工作。0371-86017607

③保护管理科：负责拟定保护区资源保护、环境保护管理规划；负责拟定并组织实施有关自然资源保护管理与开发的具体办法；负责保护区资源管理、病虫害防治、防火、巡护及保护区各项设施维护工作；负责审核有关在保护区内开发建设项目；负责对保护区生态旅游的监督管理；负责建立保护区内的资源消长变化、资源结构变化及野生动植物资源的分布与变化规律档案；负责保护区内珍稀野生动植物的抢救、保护工作；负责指导五个管理站的保护管理工作；完成上级主管部门及管理中心领导交办的其他工作。0371-86178257

④野生动物监测防控科：监测野生动物种群动态和活动规律；监测野生动物的发病、非正常死亡情况；监测野生动物行为异常、外部形态特征异常变化，或种群数量严重波动等异常情况；负责野生动物疫源疫病防控工作；负责侯鸟环志工作，监测迁徙鸟类迁徙，建立迁徙鸟类迁徙规律档案；完成上级主管部门及管理中心领导交办的其他工作。 0371-86017601